Studiował rzeźbę u jednego z najbardziej znanych i wpływowych profesorów warszawskiej ASP – Jerzego Jarnuszkiewicza, u którego otrzymał dyplom z wyróżnieniem. Już na roku dyplomowym zaczął pracę jako asystent wolontariusz w pracowni Oskara Hansena, autora Teorii Formy Otwartej, który to twórca miał największy wpływ na ukształtowanie światopoglądu Kowalskiego. W 1968 roku Kowalski podjął asystenturę u prof. Jarnuszkiewicza. Od 1991 roku jest profesorem na macierzystej uczelni. Kowalski (rocznik 1942) był świadkiem konceptualnego przewrotu w sztuce. W Polsce zbiegło się to z nasileniem artystycznych sympozjów, awangardowych plenerów i dyskusji, których celem była integracja przemysłu ze sztuką i otwarcie społeczeństwa na nowatorskie kreacje. Po etapie dużej aktywności w tego typu przedsięwzięciach, Grzegorz Kowalski zwątpił w możliwość oddziaływania sztuką na procesy społeczne i intensywnie zajął się pracą pedagogiczną, wdrażając niekonwencjonalne metody. Po 1989 roku dał się poznać jako kurator autorskich wystaw z niebanalnymi scenariuszami. Od lat 90. XX wieku do dziś funkcjonuje termin, jakim zaczęto określać prowadzoną przezeń pracownię: Kowalnia. Profesor uczył w niej studentów współdziałania (nieco przypominało to metodę Grotowskiego), otwartości na nagość cielesną i psychiczną; na tematy tabu; zadawał nietradycyjne tematy, angażujące głębokie, nieraz skrywane emocje. Ową „dydaktykę partnerską” Grzegorz Kowalski stawia na równi z własną twórczością.