Reżyser filmowy i teatralny, scenarzysta, producent, eseista. Urodził się 17 czerwca 1939 roku w Warszawie.
W 1959 roku został absolwentem fizyki na Uniwersytecie Warszawskim, a w 1962 roku filozofii na Uniwersytecie Jagiellońskim. W roku 1966 ukończył studia reżyserskie w Państwowej Wyższej Szkole Filmowej, Telewizyjnej i Teatralnej w Łodzi. W czasie studiów aktywnie działał w amatorskim ruchu filmowym.
Zadebiutował w roku 1969 filmem Struktura kryształu, który wywołał w polskim kinie rewolucję estetyczną. Najbardziej znaczący okres w twórczości Zanussiego przypada na lata siedemdziesiąte, kiedy powstały takie filmy, jak Życie rodzinne, Za ścianą, Iluminacja, Barwy ochronne czy Spirala. Prawie do wszystkich filmów scenariusze napisał sam Zanussi.
W latach 1971–1983 był wiceprezesem Stowarzyszenia Filmowców Polskich, a w latach 1975–1977 przewodniczącym Rady Polskiej Federacji Dyskusyjnych Klubów Filmowych. W 1980 roku został kierownikiem artystycznym zespołu, a następnie dyrektorem Studia Filmowego Tor. Od 1987 roku jest członkiem Komitetu Kinematografii. W 1990 roku został Prezydentem Federacji Europejskiej Realizatorów Audiowizualnych. Od 1997 roku jest członkiem Papieskiej Akademii Sztuk Pięknych i Literatury. Był Prezydentem Stowarzyszenia Eurovisioni. Jest członkiem Polskiego PEN Clubu i Stowarzyszenia Pisarzy. Był wiceprzewodniczącym Rady Programowej Polskiej Telewizji Publicznej. Jest profesorem Uniwersytetu Śląskiego w Katowicach (od 1992), a także, od roku 2011, członkiem Zarządu Europejskiej Akademii Filmowej.
Krzysztof Zanussi uważany jest za jednego z najwybitniejszych reżyserów polskiego kina. Jego filmy odznaczają się niezwykłą oryginalnością, poruszają problematykę moralną, psychologiczną i ukazują życie wewnętrzne bohaterów.
Oprócz twórczości filmowej Krzysztof Zanussi zajmuje się także działalnością pedagogiczną i reżyserią teatralną. Jest też autorem książek O montażu w filmie amatorskim i Rozmowy o filmie amatorskim oraz członkiem Europejskiej Akademii Filmowej przyznającej Feliksy.
Krzysztof Zanussi jest doktorem honoris causa kilku uniwersytetów. Wśród wielu prestiżowych nagród i odznaczeń posiada Nagrodę David di Donatello, Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski, francuski Chevalier dans l’ordre des Arts et des Lettres, Krzyż Komandorski z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski za wybitne zasługi dla kultury polskiej oraz Złoty Medal „Zasłużony Kulturze Gloria Artis”.
Od 1971 roku członek ZAiKS-u.
Od 2013 roku członek honorowy. Laureat Nagrody 100-lecia ZAiKS-u w 2018 roku.